Novos alvos moleculares para detecção de genotipagem de toxoplasma gondii - Costa, Maria Eduarda de Souza Menezes da (2016)
O Toxoplasma gondii é um parasito mundialmente distribuído, que pode causar desde sintomas parecidos com a gripe até problemas neurológicos. As cepas do T. gondii apresentam grande variabilidade genética na América do Sul, sendo fundamental a análise de sequências para auxiliar no diagnóstico confiável e para classificação dos diferentes genótipos. O objetivo deste trabalho foi desenvolver dois métodos moleculares, um para detecção e o outro para genotipagem do T. gondii, possibilitando a identificação de todas as cepas conhecidas e a geração de dados que possam ser correlacionados com a virulência. Inicialmente, foi utilizado o programa MUSCLE para alinhamento de 685 sequencias nucleotídicas obtidas do GenBank, em seguida os alinhamentos foram analisados no programa MEGA 6.0 para determinação de sua variabilidade genética. O gene GRA7 foi selecionado como alvo para os iniciadores, que foram desenhados em regiões conservadas do gene utilizando os programas Geneious 9.0 e Primer BLAST. O protocolo de amplificação utilizando-se os primers para o gene GRA7 foi então comparado com outros protocolos padronizados para amplificação do gene B1 e do elemento repetitivo de 529 pb, que são os marcadores mais utilizados para o diagnóstico do T. gondii. Para o desenvolvimento do sistema de genotipagem foram selecionados os genes ROP5, ROP18 e GRA7, que estão relacionados ao mecanismo de virulência melhor descrito em T. gondii. O sistema de genotipagem desenvolvido se baseia na análise de polimorfismos presentes em fragmentos sob seleção positiva desses genes, que permite identificar cepas pertencentes as linhagens clonais e cepas atípicas. Utilizando-se essa nova abordagem para a seleção de marcadores, será necessário investigar um número de regiões do genoma consideravelmente menor que o utilizado pelo método utilizado tradicionalmente, simplificando o processo. Concluindo, o desenho de primers em regiões conservadas do gene GRA7 permitiu o desenvolvimento de um sistema de detecção utilizando PCR com excelente positividade e sensibilidade, principalmente para detecção de cepas atípicas do T. gondii. Ainda, a genotipagem baseada na detecção de polimorfismos em genes de virulência permitiu a diferenciação genotípica das diferentes cepas de forma mais simples que a técnica de RFLP utilizada atualmente.