Diversidade genética e identificação de duplicatas DE MANIHOT ESCULENTA CRANTZ com base em marcadores SINGLE-NUCLEOTIDE POLYMORPHISM (SNP) - Albuquerque, Hilçana Ylka Gonçalves de (2017)
A mandioca (Manihot esculenta Crantz) é uma das fontes alimentares mais importantes nos trópicos, e grande parte da sua variabilidade genética é conservada em Bancos Ativos de Germoplasma (BAG). Assim, este trabalho teve como objetivo analisar a diversidade genética e a estrutura populacional de 1.580 acessos de mandioca, bem com identicar genótipos redundantes a partir da análise de 2.371 acessos conservados em diferentes unidades da Embrapa. Todas estas análises foram realizadas com base em marcadores Single-Nucleotide Polymorphism (SNP), obtidos pela técnica de genotyping-by-sequencing (GBS). A média dos parâmetros de diversidade genética, conteúdo de informação polimórfica (PIC), endogamia (f), heterozigosidade observada (Ho) e esperada (He) foram de 0,24; 0,21; 0,23; e 0,30; respectivamente, tidos como elevados, quando considerado a natureza (predominantemente bialélica) dos SNPs e sistema reprodutivo da espécie. Os valores destes parâmetros foram bastantes similares nos 18 cromossomos da espécie. Em nível de indivíduo, os valores de f variaram entre 0,49 a 0,97, com média de 0,69, sendo que três acessos de mandioca apresentaram f > 0,90. Os valores de desequilíbrio de ligação (LD) se estendeu entre 15 e 20 kb (r2= 0,20). A análise discriminante de componentes principais (ADCP) indicou a formação de 22 grupos, com probabilidade média de alocação dos indivíduos >0,99, contudo, não foi possível observar associação entre os grupos formados pela ADCP e classificação com base em informações fenotípicas, de origem genética e geográfica. Para identificação de duplicatas foi realizado um estudo com base no agrupamento de perfis multilocos (MLGs) nos acessos conservados em diferentes unidades da Embrapa. Foi possível identificar 1.757 acessos únicos e 614 acessos duplicados, cerca de 25,89% do total de acessos analisados, com a redundância variando de 22,47% (Embrapa Amazônia Oriental) a 40,0% (Embrapa Semiárido). Estes resultados proporcionarão um melhor entendimento sobre a variabilidade genética conservada e a organização populacional do germoplasma, uma vez que a presença de acessos duplicados compromete o desenvolvimento do germoplasma, e aumenta os custos necessários para a adequada conservação, caracterização, avaliação e uso destes materiais.