Desequilíbrio de ligação e associação de polimorfismos relacionados à resistência ao carrapato em bovinos Hereford e Braford - Biegelmeyer, Patrícia (2015)
A incorporação de informações fornecidas pelos marcadores moleculares nas avaliações genéticas é uma estratégia promissora para aumentar a eficiência dos programas de melhoramento animal. Entendendo a importância de estudos que analisem e divulguem resultados da aplicação desta tecnologia, esta tese foi estruturada para inicialmente apresentar uma revisão sobre os principais conceitos relacionados ao uso da genômica e à resistência de bovinos ao carrapato. Em capítulos posteriores são apresentados os resultados obtidos em dois estudos envolvendo rebanhos Hereford e Braford. No primeiro deles são apresentados níveis de desequilíbrio de ligação (r2), persistência de fase e tamanho efetivo das populações (Ne). Para tanto, 391 bovinos Hereford e 2.079 Braford foram genotipados com chips de média densidade (50K) e 40 touros com chips de alta densidade (HD). As médias ± desvio-padrão de r2 observadas foram 0,21 ± 0,27 para Hereford e 0,16 ± 0,22 para Braford. O atual Ne da população Hereford foi estimado em 153 indivíduos e em 220 na Braford. As raças apresentaram níveis moderados a altos de persistência de fase em todas as distâncias entre marcadores, sendo as correlações mais altas (> 0,9) observadas em distâncias de até 50Kb. O r2 diminuiu rapidamente à medida que a distância entre marcadores aumentou, mas níveis considerados úteis para o mapeamento de QTLs (r2> 0,2) foram encontrados em distâncias de até 50Kb. Nas populações Hereford e Braford analisadas são necessários, respectivamente, ao menos 50 mil e 150 mil SNP para condução de estudos de associação ampla ou de seleção genômica eficientes. Os níveis de persistência de fase observados indicaram que em distâncias próximas (< 50Kb) os efeitos de SNP verificados em uma população são iguais na outra. O segundo estudo realizou uma análise de associação genômica ampla para identificar regiões do genoma relacionadas à resistência de bovinos ao carrapato. Foi utilizada a metodologia GBLUP de passo único para verificar a variância genética capturada por janelas de 16 SNP adjacentes, em dois cenários: S1 (onde o algoritmo utilizado recalcula os efeitos de SNP a cada iteração) e S2 (tanto o efeito de SNP como de animal são recalculados). Foram utilizados dados de contagens de carrapatos de 928 animais Hereford e 3.435 Braford, dos quais 3.545 foram genotipados com chips 50K e 131 touros com chips HD. No S1 e S2, as 10 janelas com maior variância genética explicaram, respectivamente, 7,28% e 16,65% da variação genética. Não foi encontrada sobreposição entre nenhuma das 10 regiões de maior variância nos dois cenários com QTLs associados à resistência descritos na literatura. Entre as 10 janelas com maior variância genética, quatro foram comuns aos dois cenários. A anotação funcional demonstrou que estas regiões abrigam ou estão próximas de genes envolvidos em processos relacionados à imunidade inata, processos inflamatórios, entre outros, indicando serem potenciais candidatas para estudos de mapeamento fino. Devido à complexa natureza da resistência de bovinos ao carrapato, é importante que mais estudos sejam conduzidos para melhor entendimento dos mecanismos biológicos envolvidos na sua expressão.