Estudo de processos para modelagem, avaliação, alteração e seleção de estruturas de proteínas - Souza Teixeira, Erico (2005)
O projeto consiste no estudo de diversos sistemas aplicados no processo de construção de modelos de estruturas terciárias de proteínas, considerando etapas de modelagem e avaliação da estrutura, assim como mecanismos para a modificação visando a melhora das conformações desenvolvidas. Ao longo desse estudo foi também desenvolvido um conjunto de interfaces que permite a comunicação entre os diversos tipos de programas utilizados nas etapas citadas acima. Além disso, um método para a alteração e melhora de pequenas regiões de um modelo da proteína foi implementado e adicionado no fluxo do processo de modelagem. Por fim, o algoritmo de construção de novas conformações foi avaliado em estruturas originadas da modelagem por homologia, criadas pela ferramenta MODELLER, sempre apresentado uma melhora nas regiões modificadas, enquanto elas apresentassem uma distância superior a 1,7 Å da estrutura nativa