O problema dos uns consecutivos utilizando arquiteturas reconfiguráveis - Idalgo, Adriano Genovez (2007)
As arquiteturas reconfiguráveis possibilitam que a função do hardware seja implementada pelo usuário. Por causa de suas características, estas arquiteturas têm sido usadas em muitas áreas, inclusive a Bioinformática. Muitos problemas em Bioinformática podem ser representados por modelos matemáticos que, por sua vez, podem ser resolvidos por métodos computacionais. O problema dos uns consecutivos é um exemplo destes problemas, e trata da obtenção de uma permutação de colunas em uma matriz binária, de modo que todos os uns em cada linha sejam consecutivos. Esta matriz representa informações sobre fragmentos de DNA e sondas, os quais permitem a identificação da ordem relativa entre os fragmentos e, assim, auxiliam a determinação da ordem das bases nitrogenadas que formam o DNA original. Nesta dissertação são descritos alguns conceitos sobre arquiteturas reconfiguráveis e os principais dispositivos de lógica programável. Também são revisados o problema dos uns consecutivos e um algoritmo para resolvê-lo. São apresentadas diversas implementações, em hardware reconfigurável, de partes do algoritmo para resolução do problema dos uns consecutivos de modo a obter um melhor desempenho em sua execução. Também são apresentados e discutidos os resultados obtidos através de experimentos realizados com estas implementações. Finalmente, são descritas as conclusões deste trabalho e mostrados os trabalhos futuros que podem expandir as soluções apresentadas.