Origem, epidemiologia molecular do HTLV-1 na Bahia: um plano piloto - Santos, Jéssica Laís dos (2016)
O HTLV-1 (Human T-Cell Lymphotropic Virus) foi o primeiro retrovírus humano a ser descrito. As principais complicações clínicas associadas ao HTLV-1 são: doenças malignas como a ATLL; síndromes inflamatórias, como a TSP/HAM; e complicações infecciosas, como a dermatite infecciosa. Estima-se que aproximadamente 15 a 20 milhões de pessoas estejam infectadas pelo HTLV em todo o mundo. Algumas áreas são, conhecidamente, endêmicas para esta infecção, sendo elas: sudoeste do Japão, África sub-Saara, regiões do Caribe, áreas localizadas no Irã e Melanésia. No Brasil, existem cerca de dois milhões de portadores do vírus. Na Bahia, estimativas indicam que a prevalência global da infecção pelo HTLV-1 na população geral de Salvador é de 1,8%. No entanto, ainda existe uma escassez de informações sobre a história evolutiva do HTLV-1 no Estado da Bahia, e a maioria dos dados sobre a epidemiologia molecular do HTLV-1 dizem respeito à isolados virais originados da cidade de Salvador, ou região metropolitana (RMS) e mais outras duas mesorregiões do estado, regiões Sul (S) e Vale do São Francisco (VSF). Em outras quatro mesorregiões nenhum outro isolado viral já foi identificado e caracterizado. Portanto, o principal objetivo deste trabalho foi investigar a origem e a disseminação do HTLV-1 na Bahia. Este estudo, de corte transversal, foi desenvolvido a partir de uma amostra de conveniência, composta por 50 amostras de indivíduos, de ambos os sexos, infectados pelo HTLV-1 que nasceram e residem no estado da Bahia, separadas por mesorregiões. Outras sequências LTR do vírus já disponíveis no GenBank foram utilizadas para, perfazer o maior número possível de mesorregiões a serem investigadas. Deste modo, 78 sequências LTR do HTLV-1 foram analisadas neste estudo. Inicialmente, o DNA genômico foi extraído utilizando kit de extração e submetido à nested-PCR para a região LTR. Os produtos da PCR foram purificados e sequenciados. Das 50 amostras selecionadas para a busca pelo HTLV-1, apenas foi possível gerar 11 sequências LTR do HTLV-1, e portanto, foi possível identificar a infecção em outras duas mesorregiões: nordeste (N) e centro-sul (CS). Os cálculos de diversidade genética foram feitos utilizando o modelo de distância Tamura Nei, com suporte estatístico. Três diferentes inferências filogenéticas foram realizadas: uma análise de subtipagem das novas sequências LTR do HTLV-1, uma análise filogenética apenas com sequências de isolados virais do Subtipo a, e uma última inferência filogenética, apenas com sequências de isolados virais do Subtipo a Subgrupo Transcontinental (A). Para essas inferências utilizamos de programas de bioinformática que possibilitaram alinhamento, edição e análise das sequências geradas, bem como inferir árvores filogenéticas e predizer a taxa evolutiva destes isolados. Foi possível identificar que a mesorregião que apresenta maior diversidade genética, entre suas sequências, foi a (CS), seguida da região N, enquanto as regiões S e RMS apesentaram resultados semelhantes. A análise filogenética, para subtipagem, das novas 11 sequências LTR do HTLV-1, geradas neste trabalho, demonstrou que todas elas pertencem ao subgrupo Transcontinental (A), do subtipo Cosmopolita (a). As sequências LTR do HTLV-1 originadas da mesorregião VSF apresentaram diferentes características filogenéticas, e as sequências originadas de casos de infecção RMS tiveram uma distribuição difusa no subgrupo Transcontinental, formando grupamentos com sequências originadas de diferentes regiões do país. No entanto, 32 (74,4%) sequências, se posicionaram em clados mais ancestrais do subgrupo. Fenômeno semelhante foi observado com a distribuição das sequências originadas de casos de infecção do Sul do estado. Também, a partir desta análise, é possível observar que houve a formação de cluster único com as sequências do N e CS (Boostrap entre 50% e 74%). Todas as sequências originadas do CS mostraram proximidade filogenética com sequências do Sul do estado. O valor encontrado para a taxa evolutiva foi de 1.0 x 10-4 substituição/sítio/ano (95% IC: 4.2752E-6, 2.7948E-4). Por isso, as principais conclusões são: identificação de 11 novos isolados virais, originados de casos de infecção pelo HTLV-1 em diferentes mesorregiões do Estado da Bahia; com a caracterização filogenética, percebemos que todos pertencem ao subtipo a, subgrupo A; sendo possível identificação da presença do Subtipo a/Subgrupo A nas mesorregiões N e CS; as sequências LTR do HTLV-1, originadas de casos de infecção na mesorregião RMS, revelam características de ancestralidade destas sequências em comparação com as de outras mesorregiões, sugerindo a introdução do HTLV-1 a partir dessa mesorregião; As sequências LTR do HTLV-1, originadas de casos de infecção na mesorregião S, apresentaram características semelhantes as sequências da RMS, o que pode sugerir origem dessas sequências na RMS, ou até introduções semelhantes nestas duas mesorregiões;- proximidade filogenética das sequências LTR do HTLV-1, originadas de casos de infecção das mesorregiões N, CS e S, sugere rotas migratórias populacionais entre elas.