Caracterização da microbiota bacteriana da água do Rio Negro em diferentes períodos sazonais - Neves, Rogério de Oliveira (2013)
A comunidade de microrganismos do sistema aquático dos rios Solimões e Negro, bem como a diversidade destes ecossistemas não foram exaustivamente estudadas até o momento. O objetivo deste trabalho foi caracterizar a microbiota bacteriana do rio Negro em relação a sazonalidade, tanto em seu aspecto quantitativo (contagem de Unidades Formadoras de Colônias - UFCs) e no qualitativo (identificação taxonômica via sequenciamento do DNA codificador do RNA de pequena subunidade ribossomal SSU-rRNA). Amostras de água do rio Negro foram coletadas em cinco diferentes pontos, em 4 profundidades e em 5 datas de diferentes épocas do ano, sendo que de todas amostras as UFCs foram contadas. O DNA total foi extraído da biomassa contida na água do rio Negro em períodos de cheia (RN2) e vazante (RN3) e analisado espectrofotometricamente e por eletroforese em gel de agarose 0,8%. Foram amplificadas as regiões variáveis V3 e V4 do SSU-rRNA por PCR (Reação em Cadeia da DNA Polimerase) e os amplicons foram sequenciados por pirosequenciamento utilizando o equipamento 454 (Roche®). Os arquivos brutos das bibliotecas RN2 e RN3 do Rio Negro foram submetidas à suíte do programa Mothur para o controle de qualidade, alinhamento das sequências, cálculo das distâncias genéticas e definição das Unidades Taxonômicas Operacionais – OTUs, além de, estimativa da riqueza e diversidade das espécies. Pela contagem de UFCs foi possível comparar o número de bactérias cultiváveis nos diferentes pontos de coleta e em função da sazonalidade. Pela análise molecular verificou-se que o filo Proteobacteria mostrou-se dominante nestas duas coletas do rio (cheia e vazante), os gêneros dominantes deste filo na cheia foram Limnohabitans, Methylomonas, e outro filo expressivo foi Acidobacteria do gênero Gp3. No período de vazante os gêneros abundantes foram Polynucleobacter, Acinetobacter e Curvibacter, dentro do filo Proteobacteria. As curvas de rarefação demonstraram que a biblioteca RN3 é mais diversa em número de espécies do que a biblioteca RN2 e confirmado pelo índice de Shannon e InvSimpson. Pode-se observar a partir dos índices de ACE e Cha 1 que a biblioteca RN3 é mais rica em espécies comparada com a RN2.