Montagem, anotação e análise estrutural do genoma de Pleurotus ostreatoroseus DPUA 1720 - Silva, Suelen Dias da (2021)
Os cogumelos são usados desde os tempos remotos devido seu valor terapêutico. Muitas espécies são fontes de compostos bioativos que podem apresentar efeitos benéficos à saúde, como potencial antioxidante, antimicrobiano, anti-inflamatório, antimutagênico, anticâncer, neuroprotetivo, hepatoprotetivo entre outros. Este trabalho tem como objetivo fazer a autenticação molecular do cogumelo, sequenciar, anotar e analisar o genoma de Pleurotus ostreatoroseus, analisar a sua composição nutricional, sua atividade antioxidante e antimicrobiana. A autenticação molecular foi realizada pela amplificação dos genes rRNA nucleares de fungos, e depositada no NCBI. O sequenciamento foi realizado no Ilumina HiSeq e montado pelo método de novo com software SOAP. O tamanho total do genoma de P. ostreatoroseus é de 43.81Mb, com conteúdo GC de 56.04%, e 9,263 genes. A montagem gerou 38.588,771 contigs, com N50 de 180,9. Foram realizadas anotações no Gene Ontology (GO), KEGG, KOG, NR, TCDB e CAZy. Pelo KEGG foi possível observar a rede do metabolismo da espécie, apresentando genes envolvidos majoritariamente em catabolismo/transporte (274 genes) e metabolismo de carboidratos (248 genes). Na anotação do GO os genes mais abundantes envolvidos nas três categorias de anotação foram: (1) Componente Celular, 2.137 genes envolvidos em junções celulares; (2) Função Molecular, 3.265 genes associados à atividade de ligantes não definidas (3) Processo Biológico, 3.171 genes ligados a processos multi-organismo. Na anotação KOG, a maioria dos genes (221) foi associada a modificações pós-traducionais e chaperonas. Na anotação NR foi realizada a comparação proteica com vinte espécies fúngicas depositadas nos bancos de dados NCBI, e observou-se a similaridade de 3.194 genes de P. ostreatoroseus com a espécie fúngica Phanerochaete carnosa. Os agrupamentos de genes de metabólitos secundários revelaram um total de 27 clusters, incluindo 10 terpenos, 1 t3pkse, 5 t1pks e outros 11 clusters. A composição centesimal da biomassa micelial revelou teor de proteínas 12,81%, carboidratos 33,64%, fibras 3,78% e lipídios 1,43%. Análise da atividade antimicrobiana dos extratos obtidos de P. ostreatoroseus não tiveram ação antifúgica e antibacteriana. A partir do extrato etanólico, foram determinados a composição total de fenóis (19,6 mg EAG/g) e a atividade antioxidante pelos ensaios de ABTS (84,1 μmol TE/g), DPPH (324,8 μmol TE/g) e FRAP (472,6 μM TE/g). Os resultados reportados nesse trabalho irão auxiliar pesquisas futuras com aplicações biotecnológicas, pois o dado genético fornece informações importantes sobre a biologia do cogumelo.