Estudo de associação genômica ampla (GWAS) para características de carcaça mensuradas por ultrassonografia em bovinos da raça Nelore - Martins, Rafaela (2020)
A raça Nelore (Bos taurus indicus) é utilizada em larga escala em rebanhos brasileiros, entretanto, os animais zebuínos apresentam menores teores de gordura na carcaça. Isso ocorre, devido ao impasse de seleção das características de carcaça, pois, muitas vezes essas são medidas post-mortem, além dos altos custos e dificuldades na mensuração. Com a inclusão da genômica, o processo de seleção, bem como os estudos de associação genômica ampla (GWAS) para identificação de regiões genômicas envolvidas nas expressões dessas características, tornaram-se mais simples. Com isso, o objetivo foi realizar GWAS para as características de espessura de gordura subcutânea (EGS), espessura de gordura na picanha (EGP8), e acabamento (ACAB), afim de identificar regiões genômicas de maiores efeitos, genes candidatos, e ainda, verificar as funções biológicas dos mesmos. Para isso, foram utilizadas informações de 1440 animais, todos com registros de ultrassom e genotipados com o painel GGP-Indicus 35K. As análises foram realizadas pelo método de single-step GWAS (ssGWAS) com os programas da família BLUPF90, que calcularam as variações para janelas genômicas contendo 10 polimorfismos de nucleotídeo único (SNPs) consecutivos, e posteriormente, as regiões que obtiveram ais que 0,5% da variância genética aditiva total foram utilizadas para examinar os genes candidatos. Após a identificação dos genes candidatos pelo banco de dados ENSEMBL, foram realizadas análises de ontologia genética (GO, PANTHER) e de redes de conexões de genes (REVIGO), para avaliar quais vias biológicas os genes atuavam, e também, a ligação desses genes sob cada característica abordada. Os principais genes de EGS (TBL1XR1, AHCYL2, SLC4A7, AADAT, VPS53, IDH2 e ETS1), EGP8 (GSK3β, LRP1B, EXT1, GRB2, SORCS1, e SLMAP) e ACAB (GSK3β, LRP1B, EXT1, SORCS1, NR1L2, e APAF1), esses podem estar ligados com a deposição de gordura. A análise de enriquecimento gênico revelou processos que podem influenciar diretamente nas características estudadas, alguns desses genes, pertencem a vias relacionadas ao metabolismo de lipídios, polissacarídeos, carboidratos, homeostase lipídica, e do colesterol, além de outros que possam influenciar na composição de EGS, EGP8 e ACAB. Os resultados aqui relatados, ajudarão na compreensão dos mecanismos que formam as características supracitadas, além disso, várias das regiões genômicas identificadas apontaram processos relacionados à deposição de gordura, tais processos podem ser úteis para futuros estudos genômicos em bovinos da raça Nelore.