Microbiota vaginal avaliada por sequenciamento de DNA de nova geração e aspectos reprodutivos de vacas leiteiras - Candotti, Anne Kemmer Souza (2021)
Resumo: A microbiota vaginal tem demonstrado relevância no âmbito da reprodução de bovinos pois alterações em sua composição podem influenciar a fertilidade. A tecnologia de sequenciamento de nova geração (SNG), Illumina, tem sido utilizada como padrão, contudo, para uma maior precisão nas análises, a tecnologia de leituras longas, PacBio, vem sendo utilizada para melhorar a sensibilidade e especificidade do perfil taxonômico, além de reduzir o risco de falsos positivos. Com o objetivo de caracterizar a microbiota vaginal de vacas leiteiras por SNG e relacionar com aspectos reprodutivos, dois estudos foram desenvolvidos. Em ambos, após o SNG, foi analisado a abundância relativa das bactérias, e calculado os índices de Alfa e Beta diversidade. O primeiro estudo identificou a microbiota vaginal de vacas da raça holandês preto e branco (HPB; n = 13) por meio do sequenciamento de leituras longas de DNA (PacBio sequencing) e comparou os dados com a técnica convencional de leituras curtas (Illumina sequencing). Este é um dos primeiros estudos a buscar leituras em nível de espécie nas bactérias do ambiente vaginal de vacas. Por meio da plataforma PacBio foram obtidas 366.509 leituras e 631.586 leituras pela Illumina. Foi possível a identificação de 27 versus 28 filos e 677 versus 662 gêneros, no sequenciamento por PacBio e Illumina, respectivamente. Ainda, foram identificadas 677 espécies pelo PacBio. A alfa diversidade demonstrou uma forte correlação (r= 0,758), de maneira significativa (p=0,003), entre o número de espécies (PacBio) e gêneros (Illumina) considerando as diferentes técnicas. O segundo estudo teve como objetivo investigar a microbiota vaginal em vacas gestantes e não gestantes por meio da plataforma de sequenciamento PacBio. Para esse estudo foram colhidos swabs vaginais de vacas leiteiras (n=13), das quais 5 ficaram gestantes (GE) e 8 permaneceram não gestantes (NG) após a inseminação artificial realizada posterior à identificação de cio natural nessas fêmeas. Foram obtidas 366.509 leituras bacterianas, sendo agrupadas em 27 filos e 677 gêneros. Os filos mais abundantes em todas as amostras avaliadas foram Firmicutes (58%) e Bacterioidetes (32%). Na análise de beta diversidade foi observado diferença comparando as comunidades bacterianas dos grupos GE (p = 0,004) e NG (p = 0,011). Além disso, houve um agrupamento evidente das vacas que permaneceram não gestantes, demostrando que suas comunidades bacterianas são mais semelhantes quando comparado com aquelas presentes em vacas gestantes.