Análise do genoma completo da cepa Francisella noatunensis subsp. orientalis F1 e predição de candidatos vacinais contra Franciselose em peixes de águas quentes e frias - Facimoto, César Toshio (2024)
Resumo: A espécie Francisella noatunensis subsp orientalis, agente causador da franciselose em tilápias, tem recebido destaque na tilapicultura mundial devido ao seu caráter emergente e por causar perdas na produção, principalmente em países de climas tropicais Por outro lado, em regiões predominantemente frias, peixes como bacalhau do atlântico, salmão e truta tem sido acometidos pela subespécie Francisella noatunensis subsp noatunensis Este estudo tem por objetivo sequenciar, montar e depositar em bancos de dados públicos o genoma completo de uma cepa de F noatunensis subespécie orientalis e predizer in silico candidatos proteicos imunogênicos conservados entre as subespecies para o desenvolvimento de uma vacina eficaz contra a franciselose em peixes de águas quentes e frias A cepa F1 foi isolada de um surto em tilapicultura ocorrido no noroeste do estado de São Paulo em 215 O DNA foi submetido à sequenciamento de próxima geração, as reads resultantes do sequenciamento foram filtradas, montadas em contigs e alinhadas com uma cepa referência para criação de um sccafold Os gaps resultantes foram preenchidos através da verificação e extensão das bordas dos intervalos em mapeamentos sucessivos com as reads A filogenia foi analisada utilizando a ferramenta Gegenees e a identificação de candidatos vacinais foi realizada utilizando as ferramentas MEDpipe e Vaxign As proteínas resultantes desta última análise foram checadas quanto à homologia no genoma completo de Oreochromis niloticus e F noatunensis subsp noatunensis A função das proteínas identificadas foram preditas utilizando a ferramenta Interproscan Através da comparação com 12 genomas completos de Francisella spp disponíveis no GenBank, a análise de filogenia apresentou uma grande similaridade da cepa F1 com as cepas de F noatunensis subsp orientalis isoladas no Brasil, e com uma cepa isolada na Indonésia Além disso, os grupos de cepas que acometem humanos apresentaram-se distantes das cepas que acometem peixes A vacinologia reversa e análise das proteínas selecionadas revelaram um total de 5 proteínas (WP_147156571, WP_147145121, WP_12286661, WP_147145641 e WP_147145571) potencialmente expostas ou secretadas, conservadas entre as duas subspécies de F noatunensis, imunogênicas e sem homologia com proteínas do hospedeiro As proteínas selecionadas que apresentaram resultado na predição estão associadas à mecanismos de sobrevivência no interior de macrófagos e secreção de hemolisina Por fim, os resultados obtidos por este estudo servem de base para o desenvolvimento de testes in vivo que validem a eficácia dos alvos vacinais e posteriormente sua aplicação no campo