Construção e caracterização de uma biblioteca genômica de C. arabica em cromossomo artificial de bactéria - Cação, Sandra Maria Bellodi (2024)
Resumo: O Brasil é o principal produtor e exportador mundial de café e possui o segundo maior mercado consumidor Entre os principais objetivos do melhoramento genético de cafeeiros estão os estudos visando à melhoria de cultivares resistentes à ferrugem utilizando como fonte de resistência, progênies oriundas do Hibrido de Timor, planta derivada do cruzamento interespecífico natural entre Coffea arabica e C canephora, resistente a maioria das raças fisiológicas do fungo Hemileia vastratix Bibliotecas baseadas nos vetores do tipo Cromossomo Artificial de Bactéria (BAC) são um importante recurso para clonagem posicional, analise comparativa de genomas e construção de mapas físicos Neste trabalho foi realizada a construção e caracterização de uma biblioteca BAC com 56,832 clones com um tamanho médio de insertos de 118 kb, representando 5 a 6 vezes a cobertura do genoma haplóide de Carabica A contaminação foi estimada como 1,4% para cloroplasto e ,5% para DNA mitocondrial Combinadas, as técnicas de seleção por PCR de pools representando vários grupos de clones da biblioteca propiciou uma forma rápida e econômica de seleção da biblioteca, pois com um pequeno número de PCR foi possível encontrar clones BAC para os marcadores ancôras e o gene M6PR As placas foram selecionadas a partir de superpools e pools de placa Um total de 54 clones BAC foram selecionados, 1 para o M6PR, 11 para o SSR-16 e CCG-3, 12 para o SSR-18 e 1 para ACCG-1 As análises de Southern Blot para o gene M6PR demonstraram que os BAC isolados apresentaram um fragmento relacionado com o fragmento presente no genoma de HT CIFC 832/2, e semelhante no C eugenioides No estudo de seleção de clones para as marcas de resistência a ferrugem foram identificados 1 clones positivos para a marca SAT-244, seis para o BA-124 e sete para o M-8 Análises de Fingerprinting mostraram padrões de sobreposição de BAC que deve permitir a formação de contigs BAC abrangendo a região de resistência à ferrugem para o gene SH3 Através do Southern Blot usando sonda M-8 foram identificados clones BAC em dois grupos que correspondem aos subgenomas do HT (CC-P89O21 e Ce-P135L24) Os clones positivos foram classificados em dois grupos que correspondem aos subgenomas do HT Os clones selecionados para as marcas de resistência a ferrugem, foram submetidos ao seqüenciamento e serão utilizados em estudos de sintenia e comparação de sequencias entre espécies A biblioteca BAC construída é uma importante ferramenta disponível aos laboratórios de pesquisa em genômica de cafeeiros, visando uma maior integração de informações genômicas e genéticas para aplicação futura em programa de melhoramento