Diversidade e distribuição de retrotransposons nos genomas e cromossomos de Eleocharis (Cyperaceae) - Souza, Thaíssa Boldieri de (2024)
Resumo: As sequências repetitivas são os principais componentes dos genomas das plantas Elementos transponíveis (ETs), que constituem a parte móvel dos genomas, são divididos em duas classes principais (Classe I e Classe II) de acordo com seu modo de transposição Elementos de Classe I, ou retrotransposons, são sintetizados e transpostos usando um RNA intermediário Devido ao seu modo de replicação, os retrotransposons aparecem mais acumulados nos genomas e as suas linhagens podem acumular-se diferencialmente dependendo do grupo vegetal As espécies de Eleocharis possuem cromossomos holocêntricos, que tornam os cariótipos mais tolerantes aos eventos de disploidia, e que podem estar associados ao estresse genômico e à expressão dos elementos transponíveis Nosso objetivo foi comparar a ocorrência e a distribuição cromossômica de diferentes linhagens Copia e Gypsy em cariótipos de espécies de Eleocharis, e asssociá-las com os valores de conteúdo de DNA Foram selecionadas amostras com condições genômicas diferentes, considerando os níveis de ploidia, o valor do conteúdo de DNA e a presença de rearranjos cromossômicos Para isso, foram utilizadas técnicas de quantificação de DNA por citometria de fluxo, análises genômicas e de citogenética molecular Os genomas de E elegans e E geniculata foram parcialmente sequenciados por Illumina, os quais serviram como fonte para buscar proteínas conservadas de retrotransposons com LTR (LTR-RTs) Domínios de transcriptase reversa foram utilizados para reconhecer e comparar linhagens desses elementos e, juntamente com os domínios proteicos da integrase e RnaseH, foram utilizados para a construção de gráficos de aproximação genética e desenho de primers para a produção de sondas Os dados do sequenciamento mostraram que as LTR-RTs foram a fração repetitiva mais abundante, com predominância dos membros dos clados Athila/Tat e Sirevirus Os dados de citogenômica mostraram uma correlação positiva entre o aumento dos níveis de ploidia e a quantidade de DNA nuclear, atribuída principalmente à poliploidia, e não pelo efeito dos retrotransposons O resultado da FISH mostrou uma distribuição predominantemente dispersa dos retrotransposons nos cromossomos, mas com diferenças claras na quantidade e localização física das linhagens de Copia e Gypsy entre espécies Apesar desse estudo ter sido baseado em um sequenciamento de baixa cobertura, nossa estratégia foi útil para estudar a diversidade de LTR-RTs Nossos resultados mostraram que, embora os retrotransposons apareçam diferentemente acumulados nesses genomas, não há uma distribuição atípica de LTR-RTs devido à condição holocinética,exceto para membros da linhagem CRM que apareceram distribuídos ao longo de cromátides holocentroméricas Do mesmo modo, as diferenças no conteúdo de DNA podem ser atribuídas em menor intensidade à atividade e/ou ocorrência de retrotransposons, e de modo mais efetivo pela poliploidia