Inferência funcional de genes hipotéticos da ilha simbiótica da estirpe CPAC 15 de Bradyrhizobium japonicum - Ferreira, Everton Geraldo Capote (2024)
Resumo: A fixação biológica do nitrogênio (FBN) na soja (Glycine max (L) Merr) ocorre através da simbiose com bactérias (rizóbios), como a espécie Bradyrhizobium japonicum, seu principal simbionte Recentemente após o sequenciamento do genoma da estirpe CPAC 15 de Bradyrhizobium japonicum, utilizada como inoculante comercial em soja, observou-se a presença de aproximadamente 5% de genes codificando para proteínas hipotéticas Neste contexto, o estudo teve como objetivo a análise da expressão de genes localizados dentro da ilha simbiótica e que codificam para proteínas hipotéticas e que possam estar relacionadas à FBN e a atividade saprofítica A inferência funcional foi realizada com base em busca de similaridades com diversos bancos de dados e programas de predições de estruturas como peptídeos sinais, localização celular, domínios conservados, entre outros A avaliação da expressão gênica foi realizada através de RT-qPCR com indução com genisteína em meio de cultivo com a bactéria, por aproximadamente, 48 horas As análises de similaridade com o banco de dados RefSeq demonstrou que todas as proteínas hipotéticas estavam distribuídas em vários genomas de diferentes espécies do gênero Bradyrhizobium Os resultados obtidos por RT-qPCR demonstraram que todos os genes hipotéticos selecionados obtiveram elevados níveis de expressão em presença de genisteína em relação ao controle, o metanol A maioria dos genes codificando para proteínas hipotéticas inferidos funcionalmente estava relacionada ao transporte de substâncias, vias metabólicas de aminoácidos e degradação de compostos, e possivelmente então, podendo ser úteis na atividade saprofítica da estirpe e na FBN em si