Genes diferencialmente expressos em células pulmonares Calu-3 infectadas com SARS-CoV-2 - Pereira, Eric Petterson Viana (2022)
O Coronavírus da Síndrome Respiratória Aguda Grave 2 (SARS-CoV-2), causador da COVID-19, emergiu no fim de 2019 e rapidamente se disseminou pelo planeta, tornando-se uma ameaça global à saúde pública. A pandemia de COVID-19 revelou uma relativa ausência de conhecimentos moleculares, de forma que a patogênese da doença ainda é pouco conhecida. Este trabalho buscou identificar genes diferencialmente expressos em células Calu-3 infectadas com SARS-CoV-2. O RNA total foi extraído de células Calu-3 infectadas por SARS-CoV-2 (0.05 MOI), 24 h após a infecção, e de células Calu-3 não infectadas, cultivadas sob as mesmas condições, e convertido a cDNA. Após a construção da biblioteca de cDNA, foi realizado o seqüenciamento (RNA-seq), e as leituras obtidas foram submetidas à análise de qualidade e pré-processamento. A expressão diferencial foi realizada com o pacote edgeR seguindo os parâmetros log2 fold change ≥ 0.5, p ≤ 0.05 e FDR ≤ 0.05. A ontologia gênica foi analisada por meio do Gene Ontology (GO), e o enriquecimento das vias foi realizado com as bases de dados KEGG pathways e MSigDB Hallmark 2020. Foram encontrados 168 genes diferencialmente expressos, sendo 123 positivamente regulados e 35 negativamente regulados. A ontologia gênica mostrou o predomínio de genes relacionados a processos biológicos de resposta imune antiviral e metabolismo de açúcares. Foram obtidas somente vias de sinalização positivamente reguladas; relacionadas principalmente à infecção viral, estresse celular, resposta imune, inflamação e metabolismo de carboidratos. Não coram encontradas vias negativamente reguladas com significância estatística. Os resultados obtidos necessitam de validação a nível de RNAm e proteína. Estudos adicionais e comparação com resultados relativos à infecção por SARS-CoV-2 disponíveis em bancos de dados, tanto para as células Calu-3 como para outros tipos de células humanas, são necessários para uma melhor compreensão dos resultados descritos.