Avaliação in silico de oligonucleotídeos iniciadores e sondas de PCR para detecção de coronavírus da síndrome respiratória aguda grave 2 e protoparvovírus de carnívoros - Maciel, Jéssica Gomes (2022)
As incompatibilidades (mismatches) primer-alvo são uma problemática que vem sendo cada vez mais abordada por pesquisadores em biologia molecular, por se tratar de um interferente no anelamento do primer que pode impeder a extensão do DNA alvo pela DNA polymerase. Os vírus que serão abordados nesta dissertação apresentam frequências altas de SNP, que podem ocasionar mismatches primer-alvo. O SARS-CoV-2 é detectado rotineiramente por PCR em todo o mundo. As sequências de primers e sondas dos ensaios de detecção de SARS-CoV-2 foram projetadas de acordo com as primeiras sequências virais disponíveis no ano de 2020, ou seja, não incluindo as variantes atualmente circulantes. O parvovírus canino tipo 2 (CPV-2) é uma das doenças gastroentéricas mais relevantes na medicina de pequenos animais e apresenta um número alto de SNP?s, mesmo sendo um vírus de DNA. A detecção viral pode ser realizada por teste rápido, contudo, o padrão ouro de detecção do CPV-2 é a PCR. Por isso, diferentes ensaios têm sido descritos e amplamente utilizados para a detecção molecular de CPV-2 em amostras clínicas. Nesta dissertação, utilizamos o software SCREENED para analisar in silico 12 conjuntos de primers de detecção de SARS-CoV-2 em 3.123 genomas das variantes Gamma, Delta e Omicron, detectados no Brasil. De igual forma, utilizamos o SCREENED para analisar in silico 7 conjuntos de primers que detectam CPV-2, em 996 genomas, onde 28 eram cepas de vacinais amplamente utilizadas no mundo todo. Em geral, os resultados para ambos os vírus mostraram que, embora a maioria dos ensaios continue a detectar casos positivos e apresente alta cobertura e especificidade, algumas incompatibilidades já podem resultar em falsos negativos ou problemas de quantificação viral. [resumo fornecido pelo autor]