Análise de DNA circular extracromossômico em células somáticas - Paulino, Mary Audeny Torres (2024)
O DNA extracromossômico circular (eccDNA) é um tipo de DNA circular de fita dupla que se origina livre dos cromossomos e é encontrado em células normais e cancerosas. Compreender a diversidade do eccDNA em células somáticas normais fornece informações para elucidar os mecanismos subjacentes ao seu desenvolvimento e a estabilidade do genoma. Este estudo conduz uma análise bioinformática de eccDNAs obtidos de diferentes linhagens de fibroblastos humanos (hFib) de três doadores (D1, D2 e D3). Observamos que o número de eccDNAs varia entre os doadores, sem um padrão claro quanto à distribuição genômica. Aproximadamente 50% dos eccDNAs eram derivados de regiões codificantees, seguidos por regiões regulatórias (30,94%) com uma predominância de enhancers, que representavam cerca de 50% de todos os elementos regulatórios identificados. Doador três apresentou a maior quantidade de eccDNAs, evidenciando maior diversidade de elementos regulatórios, incluindo a presença de eccDNAs que combinam múltiplos elementos regulatórios. Análises de enriquecimento dos genes associados aos eccDNAs revelaram sua relação com processos metabólicos, regulação do crescimento e sobrevivência celular. Vias de sinalização, como a do receptor de fator de crescimento epidérmico (EGFR) e a via ErbB, foram significativamente enriquecidas, assim como a via de sinalização Rap1, que regula adesão celular, migração e polaridade. Observou-se estatisticamente que os eccDNA tendem a ser mapeados em regiões com ausência de ilhas CpG, além de serem mais comumente associados com regiões de eucromatina, demonstrando conexão com os achados que demonstraram que os genes nos eccDNAs participam de processos de replicação do DNA. Além disso, a alta presença de elementos LINEs e SINEs sugere um possível papel na formação de eccDNAs. Nossos achados revelam que as características do eccDNA e as funções dos genes de eccDNA estão associados com o tipo celular de origem, além de indicar que os eccDNAs podem se originar de ambas as regiões da cromatina, mas estudos adicionais são necessários para aprofundar o entendimento dessa relação.