Desenvolvimento de marcadores gen?micos para an?lises gen?ticas, ecol?gicas e forenses de on?as-pintadas (Panthera onca) - Lazzari, Gabriele Zenato (2024)
O manejo da vida selvagem exige ferramentas poderosas para monitorar e proteger a biodiversidade ? medida que esta diminui rapidamente. Nesse sentido, a ?rea da gen?mica trouxe novas possibilidades para o desenvolvimento de ferramentas simples e econ?micas baseadas em polimorfismos de nucleot?deo ?nico (SNPs), que melhoram as estimativas gen?ticas em rela??o a marcadores tradicionais, como os microssat?lites. A aplica??o de pain?is de SNPs selecionados e otimizados a partir de grandes conjuntos de dados gen?micos tem um grande potencial no contexto dos esfor?os de conserva??o de esp?cies esquivas e amea?adas, como a on?a-pintada (Panthera onca), o maior fel?deo das Am?ricas e esp?cie guarda-chuva para conserva??o da biodiversidade. Neste estudo, a partir de um conjunto de dados de 58 genomas completos de on?as-pintadas do Brasil, identificamos e selecionamos SNPs altamente informativos para rastreabilidade geogr?fica, identifica??o individual, parentesco e sexagem. Atrav?s de uma rigorosa filtragem, foram escolhidos 459 SNPs dentre 13.373.949 marcadores, com base no FST inter-bioma, para compor um painel junto de outros 8 SNPs ligados ao sexo. Deste painel, selecionamos subconjuntos de forma aleat?ria e identificamos um com apenas 84 SNPs que apresentou um poder de resolu??o semelhante ao painel completo. Quanto ? atribui??o de origem geogr?fica, tanto o painel geral quanto o subconjunto atingiram uma acur?cia de 98% relativa ao bioma de origem das amostras e 65-69% delas foram atribu?das a um raio de at? 500 km da sua origem. Para identifica??o individual, observamos que 10-18 SNPs dentre os marcadores selecionados s?o suficientes para diferenciar indiv?duos, enquanto 6 SNPs ligados ao sexo s?o capazes de separar corretamente machos e f?meas. Por fim, atrav?s de uma valida??o in silico, tamb?m foi poss?vel recuperar corretamente as rela??es de parentesco entre os indiv?duos testados, ressaltando a versatilidade desses marcadores e seu potencial para o desenvolvimento de ensaios de genotipagem como ferramenta para perguntas forenses, gen?ticas e ecol?gicas envolvendo on?as-pintadas.