Mapeamento cromossômico comparativo de ciclídeos amazônicos utilizando sequências repetitivas de DNA - Schneider, Carlos Henrique (2013)
Os ciclídeos, além de serem explorados na pesca, no comércio ornamental e na aquicultura, são considerados modelos para estudos de genética e evolução. Distribuem-se nas Américas Central e do Sul, África, Madagascar e sul da Índia. Os ciclídeos neotropicais, todos pertencem à subfamília Cichlinae, que é subdividida em sete tribos: Cichlini, Retroculini, Astronotini, Chaetobranchini, Geophagini, Cichlasomatini, e Heroini. Abordagens citogenéticas clássicas têm sido realizadas no grupo neotropical, contudo faltam informações sobre a mapeamento físico cromossômico, bem como análise comparativa de sequências repetitivas, sendo que estas abordagens são fundamentais para a identificação de rearranjos cromossômicos e melhor interpretação da organização genômica deste grupo de peixes. O presente estudo investigou de maneira comparativa, a organização genômica de exemplares de tribos basais (Cichlini e Astronotini), intermediária (Geophagini) e derivadas (Heroini) com uma abordagem citogenética clássica e molecular, utilizando DNAr 18 e 5S, sequências teloméricas, retrotransposons Rex1, 3 e 6, sequências microssatélites e fração repetitiva Cot-1 DNA, para mapeamento cromossômico. Análises das sequências nucleotídicas foram realizadas. Variações nos diversos marcadores citogenéticos foram evidenciadas, porém nenhuma tendência com relação a aumento, diminuição ou manutenção do número diploide basal de 2n=48 foi verificada nestas tribos. Algumas espécies possuem dupliçações gênicas do DNAr 18S, bem como, sítios simples ou múltiplos. Na maioria dos táxons analisados o DNAr 5S foi localizado na região intersticial de um par de cromossomos homólogos, porém variações neste padrão foram verificadas. Sítios teloméricos intersticiais (ITS) estão presentes em cromossomos de algumas espécies, os quais foram relacionados com eventos de rearranjos cromossômicos. O mapeamento físico dos retroelementos evidenciou abundantes marcações dispersas nos cromossomos da maioria das espécies. Algumas espécies apresentaram marcações conspícuas em porções terminais e centroméricas, que estão marcações estão associadas à regiões heterocromáticas, e às porções cromossômicas eucromáticas. O elemento Rex1 apresentou maior quantidade de marcações em espécies derivadas. As sequências nucleotídicas de Rex1 e 3 foram mais conservadas em espécies basais que em derivadas, entretanto este padrão não foi verificado em Rex6. Ainda, a presença de diferentes linhagens foram observadas em Rex1, bem como possíveis eventos de transferência horizontal marcaram a evolução de Rex1 e 3 no genoma de ciclídeos neotropicais. O mapeamento do Cot-1 DNA e de sequências microssatélites evidenciou sinais em porções centroméricas e teloméricas em algumas espécies e dispersos em outras. Foi possível verificar ainda para as análises de Cot-1 DNA, que espécies mais próximas filogeneticamente apresentam maior similaridade na organização da fração repetitiva nos cromossomos. Os dados demonstram ampla diversidade genômica e cariotípica existente em ciclídeos neotropicais e sugerem que grande parte desta ocorre em função de sequências repetitivas, as quais parecem estar influenciando a evolução destes peixes.