Caracterização genética da biodiversidade de populações virais provenientes de indivíduos hospitalizados com gastroenterite aguda na região norte do Brasil - Lobo, Patrícia dos Santos (2020)
A gastroenterite aguda (GA) é responsável por 525.000 mortes anuais de crianças menores de cinco anos em todo mundo. No Brasil, ocorreram 7.813 óbitos de crianças durante os anos de 2008 a 2016 devido a este agravo. Apesar de sua importância para a saúde, um percentual significativo de casos de diarreia (≈40%) ainda é de etiologia desconhecida. Este estudo caracterizou geneticamente a biodiversidade viral proveniente de indivíduos hospitalizados com GA na região Norte do Brasil. O sequenciamento de nova geração (NGS) foi realizado usando a plataforma HiSeq™ 2500 (Illumina) em 32 espécimes fecais negativas para Rotavírus e Norovírus pelo teste imunoenzimático oriundos da Rede Nacional de Vigilância da Gastroenterite por Rotavírus coletados de crianças hospitalizadas com GA durante 2016-2017. As leituras virais foram montadas pela abordagem De Novo usando três algoritmos distintos (IDBA-UD, Spades e MegaHit) e os supercontigs gerados foram classificados e alinhamento contra o NCBI para identificação dos vírus. As relações filogenéticas dos genomas completos ou parciais dos vírus entéricos humanos foram conduzidas utilizando o método de máxima verossimilhança, incluindo o modelo de substituição de nucleotídeo GTR+Gamma+F. A abordagem metagenômica demonstrou a detecção de vírus gastroentéricos de importância clínica acometendo pacientes com 0 a 24 meses de idade, apresentando febre, vômito e diarreia, circulando predominantemente nos meses de inverno amazônico. Foram obtidas 535.086.646 leituras totais, resultando em 78.197.572 leituras mapedas para vírus gastroentéricos, gerando 56 genomas completos ou parciais com tamanho variando de 3.866 a 34.231 nucleotídeos de comprimento, com cobertura média de 1 a 283.073,3 vezes. As caracterizações genéticas, bem como as análises filogenéticas, demonstraram a recuperação de onze genomas completos de Adenovírus Entéricos (HAdV A12, F40 e F41), sete de Astrovírus humano (HAstV 2), oito de Sapovírus (HSaV GII.2 e GIV), sete de Bocavírus humano (HBoV 1 e 3), três de Parechovírus (HPeV 1 e 4), um de Enterovírus (E11) e um de Cosavírus (HCoSV A). Estes achados demonstram a importância da abordagem metagenômica para elucidar casos de diarreia sem etiologia definida, bem como fornecer um melhor entendimento sobre a epidemiologia, características genéticas e o envolvimento de tais vírus possivelmente associados aos casos de GA da região Norte do Brasil.