Caracterização do consócio de bactérias nitrificantes pelo método fish (Fluorescent in situ Hybrization) no biofilem e água de sistemas de cultivo do camarão-rosa Farfantepenaeus paulensis - Oliveira, Simone Soares (2004)
Uma das principais preocupações em sistemas de cultivo é o acúmulo de produtos nitrogenados, especialmente amônia (NH4). A troca de água de tanques, bem como a adição de fitoplâncton, são algumas das técnicas empregadas para se reduzir o nível de amônia nos sistemas de cultivo. Outra possibilidade seria a adição de bactérias nitrificantes como probióticos. Entretanto é necessário que esses microorganismos sejam obtidos da própria microbiota presente nos tanques para que não haja qualquer problema devido à adição de um organismo exótico. Devido a limitações técnicas, a identificação e isolamento de bactérias em ambientes de cultivo, como na natureza era sempre feita em pequena escala e em laboratórios especializados. Com o avanço de técnicas de biologia molecular é possível identificar grupos filogenéticos, determinar a variação espacial e temporal de espécies de microorganismos e elucidar função e atividade de comunidades coletadas do ambiente. Com o objetivo de estabelecer aspectos da sucessão bacteriana em tanques de cultivo através de técnicas de biologia molecular e relacionar a presença de bactérias nitrificantes no biofilme e na água foi utilizado neste estudo o método FISH (Fluorescent in situ hybridization). Este método é baseado na hibridização com marcadores fluorescentes de segmentos do rRNA 16S que demarcam grupos específicos de bactérias. Foram utilizadas as sondas -, - e - proteobactérias, que contempla a maioria das bactérias nitrificantes. Os experimentos foram conduzidos na Estação Marinha de Aqüicultura – EMA/FURG, no período de novembro de 2002 a fevereiro de 2003, nas fases de larvicultura e berçário do camarão– rosa Farfantepenaeus paulensis. Foi adicionado aos tanques substrato artificial para formação de biofilme, que eram coletados diariamente para análise da composição da assembléia de bactérias e clorofila a. Amostras de água eram coletadas para análise de amônia, nitrito e nitrato, além de dados de abundância de bactérias. No experimento na larvicultura foi observada a maior concentração de amônia na água, que atingiu 413,98 µM no tempo 2, diminuindo para 73,92µM no tempo seguinte. Os grupos - e - proteobactérias estiveram mais relacionados com a variação da amônia nos tanques e, através do balanço de massa de nitrogênio na larvicultura, foi possível verificar que a maior absorção de nitrogênio dos tanques ocorreu devido a nitrificação (22,3%). No segundo experimento (berçário) foi possível avaliar o impacto da predação do camarão sobre o biofilme, observando-se um efeito positivo sobre as microalgas quanto sobre as 2 bactérias do biofilme, isto é, a maior abundância de bactérias foi obtida em substratos sujeitos à predação do camarão, assim como a maior concentração de clorofila a. A concentração de compostos nitrogenados influenciou a composição da assembléia de bactérias no biofilme e na água, principalmente com a predominância de bactérias dos grupos - e -proteobactérias, relacionadas com a variação da amônia, enquanto que bactérias do grupo -proteobactéria estiveram relacionadas com a variação de nitrito.