Filogenômica do metabolismo de carboidratos em protozoa - Oliveira, Joana Afonso Lima de (2013)
As vias centrais do metabolismo são responsáveis tanto pela geração e armazenamento de energia, quanto pela formação dos precursores metabólicos que servem como ponto de partida para a biossíntese dos elementos fundamentais, que são polimerizados para formar os constituintes celulares essenciais de todas as células vivas, ou seja, todos os três domínios: Archaea, Bacteria e Eukarya. Vários estudos têm sido feitos nos últimos anos no que se refere a genes associados ao metabolismo de carboidratos (MC) em Protozoários. O objetivo principal deste trabalho foi Inferir os relacionamentos filogenéticos e a diversidade molecular dos genes relacionados ao MC nos genomas de Protozoa. Para isso foram submetidos ao programa OrthoMCL os genomas de 22 espécies de protozoários patogênicos, e utilizando 230 grupos ortólogos listados pelo COG/KOG (NCBI) como pertencentes a categoria “g”, metabolismo de carboidratos, foi feita uma análise de similaridade com o programa BLAST com o intuito de encontrar genes ortólogos aos Protozoa, aos eucariotos e aos procariotos. Destes, foram encontrados 10 grupos ortólogos comuns aos 22 Protozoa, 31 grupos ortólogos entre os eucariotos (KOG) e, 46 grupos ortólogos entre os procariotos (COG). Dos dez grupos ortólogos pertencentes ao MC de protozoários (MC-Núcleo-Protozoa), quatro (enolase, glicose-6-fosfato-isomerase, glicosil transferase e piruvato quinase) foram selecionados para se avaliar o grau de filogenia do MC-Núcleo-Protozoa, através de uma abordagem filogenômica utilizando supermatriz e destes, dois (enolase e glicose-6-fosfato-isomerase) foram escolhidos para se fazer amplificação por PCR com outras espécies de Leishmania e Trypanosoma em bancada para que se pudesse avaliar a diversidade filogenética entre o MC-Núcleo-Protozoa, e MC-COG/KOG. As árvores filogenética feitas com mil replicatas e 80% do valor de corte para cada gene individualmente apoiam a presença de um gene ancestral que se diversificou tanto por especiação quanto por duplicação nos organismos, pois é possível ver que existe uma clara separação entre espécies de Kinetoplastida e Apicomplexa além do que em algumas espécies pode-se observar casos de paralogia. A árvore feita a partir da supermatriz corroborou com o alto grau de conservação dos genes entre as espécies, enfatizando que genes do MC são provavelmente os mais conservados entre os três domínios.