Filogeografia e variabilidade genética do vírus da hepatite B de genótipo D nas Américas - Dias, Natália Spitz Toledo (2016)
A infecção pelo vírus da hepatite B (HBV) representa um grave problema de saúde pública mundial. Dez genótipos (A a J) foram identificados e alguns deles foram ainda classificados em subgenótipos. O genótipo D (HBV/D) tem uma distribuição mundial e possui nove subgenótipos (D1 a D9) descritos. A história evolutiva do HBV/D nas Américas não é bem compreendida e poucas sequências de genoma completo HBV/D estão disponíveis. O objetivo deste estudo é analisar a proporção e a distribuição geográfica dos subgenótipos de D nas Américas, determinar as sequências genômicas completas do HBV/D isolados de diferentes regiões geográficas do Brasil e investigar a origem e a propagação dos subgenótipos de D nas Américas. Para identificar os subgenótipos circulantes nas Américas, foram obtidos do GenBank genomas completos e sequências dos genes pré-S/S e S (n = 609). Foram detectados no continente os subgenótipos HBV/D1-D4 e HBV/D7. O HBV/D1 foi encontrado na Argentina (83%), Brasil (2%), Cuba (3%) e no Canadá (18%), enquanto que HBV/D2 foi detectado na Argentina (4%), Brasil (17%), Canadá (18%), Chile (75%), Cuba (5%) e EUA (90%). O subgenótipo HBV/D3 foi o mais frequente no Brasil (56%) e foi encontrado em todos os países americanos, exceto na Venezuela e Groelândia. O HBV/D4 foi o subgenótipo mais frequente no Canadá (35%), Cuba (76%), Haiti (84%), Martinica (80%) e Venezuela (100%). O subgenótipo HBV/D7 foi observado apenas em Cuba (8%) Ademais, amostras de soro HBsAg positivas, coletadas de todas as cinco regiões geográficas brasileiras e caracterizadas como HBV/D foram selecionadas para o sequenciamento do genoma completo. Quarenta e cinco sequências de genoma completo foram determinadas (D1, n = 1; D2, n = 11; D3, n = 32; D4, n = 1). Para investigar a origem e a propagação do HBV/D nas Américas, foram criados diferentes arquivos contendo genomas completos dos subgenótipos D1 a D4, incluindo as sequências brasileiras sequenciadas neste trabalho, bem como sequências do GenBank de diferentes origens geográficas e data de coleta conhecida. As análises foram realizadas usando o pacote BEAST v.1.8.2. A análise filogeográfica sugeriu que o HBV/D1 foi introduzido no Brasil por isolados da Síria e, na Argentina por isolados da Turquia. As sequências HBV/D2 brasileiras e argentinas ficaram relacionadas a sequências da Europa Oriental e Rússia, de onde parece ter se originado os isolados circulantes nestes países. O HBV/D2 dos EUA parece ter se originado da Índia. Já o HBV/D3 não apresentou uma origem clara nas Américas, mas provavelmente foi introduzido pelos europeus. A análise do HBV/D4 sugeriu que este subgenótipo foi provavelmente introduzido pelos escravos africanos trazidos para trabalhar nas Américas. Nossos resultados sugerem que os subgenótipos de D tiveram diferentes introduções no continente americano e demonstram a utilidade de ferramentas computacionais desenvolvidas recentemente para investigar a história evolutiva do HBV