Estudo da diversidade genética de calicivírus humanos, 2004-2014: variantes de norovirus GII.4, genogrupo IV e sapovirus em amostras clínicas e ambientais - Fioretti, Julia Monassa (2016)
Os gêneros Norovirus e Sapovirus, pertencentes à família Caliciviridae, são descritos infectando humanos. Os calicivírus humanos (CaV) desempenham um importante papel como agente etiológico de surtos de gastrenterite aguda (GA) no mundo, com especial destaque para os norovirus (NoV) do genótipo GII.4 por sua diversidade e associação a pandemias. Entretanto, na última década outros membros da família, como os NoV GIV e os sapovirus (SaV), vêm sendo associados a casos de GA, porém com poucos estudos no país. Este trabalho teve como objetivo avaliar a frequência, disseminação, diversidade genética e distribuição temporal dos CaV humanos no período de 2004 \2013 2014 a partir de amostras clinicas e ambientais. Em um primeiro estudo, 147 amostras de NoV GII.4 obtidas de diferentes regiões do Brasil, em um intervalo de 9 anos (2004 \2013 2012), foram caracterizadas para determinação e avaliação da dinâmica temporal das variantes deste genótipo no país. Seis variantes foram detectadas no período (Asia_2003, Hunter_2004, Yerseke_2006a, Den Haag_2006b, New Orleans_2009 e Sydney_2012), sendo observada a emergência de novas estirpes com posterior substituição das anteriores circulantes. A principal variante detectada neste estudo, a Den Haag_2006b, apresentou duas sublinhagens temporalmente e filogeneticamente distintas. Este foi o primeiro estudo na América Latina a evidenciar o padrão de temporalidade deste genótipo em amostras provenientes de casos de GA. Para investigação dos NoV GIV e SaV foi realizado um estudo de vigilância destes vírus no estado do Rio de Janeiro utilizando amostras clínicas provenientes de casos de GA no período de 2012 \2013 2014 e amostras de esgoto coletadas (2013 \2013 2014) da principal estação de tratamento do estado NoV GI, GII e GIV foram responsáveis por 27% (87/316) dos casos de GA estudados, sendo descrita a ocorrência do GIV em amostras de fezes pela primeira vez no Brasil. Em relação às amostras ambientais, foi observada a presença de NoV GI, GII e GIV em águas residuárias não tratadas e tratadas. Um achado importante foi a presença de GII durante todo o ano, sem padrão de sazonalidade clara, assim como a maior prevalência de GI e GIV no esgoto quando comparado com amostras clínicas. O sequenciamento parcial do gene que codifica o capsídeo demonstrou a circulação do NoV GIV, com identidade nucleotídica variando entre 99.3 a 100% entre amostras clinicas e ambientais. A circulação de SaV foi demonstrada em 3.5% (12/342) das amostras clinicas e pela primeira vez no país em amostras ambientais (51/156 [33.0%]), sendo caracterizados como SaV GI.1, GI.2, GI.6, GII.1 e GV.I. O elevado percentual de positividade em amostras de águas residuárias sugere a ocorrência de casos assintomáticos destes vírus. A utilização de duas abordagens metodológicas demonstrou diferenças na frequência, diversidade genética e padrões de sazonalidade destes vírus, revelando o impacto dos CaV humanos como agentes etiológicos de casos de GA no Estado e enfatizando a necessidade de se estabelecer redes de diagnóstico e vigilância, principalmente pela rápida capacidade evolutiva, em especial do NoV GII.4, responsáveis por pandemias após a introdução de novas variantes.