Proposição de modelos tridimensionais da extensão COOH-terminal da cisteíno-protease B de Leishmania (Leishmania) amazonensis - Santos, Deborah Antunes dos (2014)
A Leishmania (Leishmania) amazonensis é um importante agente etiológico da leishmaniose tegumentar em humanos no Brasil. Este parasito apresenta mecanismos de adaptação que podem ser guiados por suas proteases onde se destacam as cisteíno-proteases (CP), sendo a CPB a mais estudada dentre as CPs já descritas em Leishmania spp. O foco deste trabalho é a região COOH-terminal da CPB (cyspep), por suas reconhecidas propriedades modulatórias sobre o sistema imune de camundongos. No presente estudo busca-se propor um modelo estrutural da cyspep visando estabelecer sua relação estrutura-função. O estudo foi conduzido por abordagem in silico, desenvolvendo o modelo tridimensional através de técnicas de modelagem comparativa, threading e métodos de novo, e analisando a estabilidade estrutural por dinâmica molecular. A associação do uso de servidores online que utilizam as abordagens de modelagem comparativa, threading e métodos de novo para predição tridimensional de proteínas foi favorável à resolução de 72 modelos da cyspep. Através de informações sobre predição de estrutura secundária e ligações dissulfeto, dos modelos gerados para cyspep, 11 foram selecionados para simulações de dinâmica molecular, sendo dois modelos obtidos por modelagem comparativa (Comp, Fugue), 5 por threading (IT1, M4, M8, L3 e SP5) e 4 por métodos de novo (Q5, Q7, D9 e R1) Os 11 modelos foram submetidos a simulação por dinâmica molecular por um tempo de 200 ns. Os modelos Fugue e IT1 também foram submetidos a simulações de dinâmica molecular sob a influência de diferentes campos de força para melhor avaliar seu conteúdo de estrutura secundária. Nossos resultados sugerem que a cyspep pode adotar uma conformação composta principalmente de folhas\2212\03B2, as quais se mantiveram estáveis após longas simulações de dinâmica molecular sob a influência de diferentes campos de força; enquanto o teor helicoidal foi rapidamente desfeito. Ainda com relação as estruturas em folha\2212\03B2, não foi possível observar padrões de dobras consenso entre diferentes modelos. Embora os procedimentos usados neste trabalho para predição de ligações de dissulfeto indicarem a possiblidade de 36 ligações entre os resíduos de cisteína (Cys17, Cys21, Cys31, Cys44, Cys52, Cys59, Cys65, Cys73 e Cys85) não foi possível constatar um consenso na predição dessas ligações