SAGA: Sistema de análise genômica dos arbovírus Zika Virus, Dengue Virus, Chikungunya Virus e Yellow Fever Virus - Gonçalves, José Irahe Kasprzykowski (2020)
INTRODUÇÃO: Doenças causadas por arbovírus (ARthropod-BOrne VIRUS) representam um grave problema de saúde pública. Com a expansão do vetor Aedes aegypti há o agravante crescimento dos casos de arboviroses no país nos últimos 10 anos. Para melhor abordar esse problema, é preciso obter o máximo de informações sobre os agentes etiológicos associados. Informações como classificação, mapeamento genômico e resposta imune. OBJETIVO: Assim, o objetivo deste trabalho é desenvolver uma plataforma de coleta e análise automáticas e contínuas de informações genômicas dos arbovírus Zika Virus, Dengue Virus, Chikungunya Virus e Yellow Fever Virus. MATERIAL E MÉTODOS: Para tal, foram importadas sequências nucleotídicas dos bancos de dados internacionais (GenBank, DDBJ e EMBL). Estas sequências foram classificadas quanto aos subtipos disponíveis na literatura para cada vírus, e mapeada ainda quanto a sua região de correspondência com a anotação do genoma completo do organismo. A partir daí, foram importados todos os epítopos do IEDB(Immune Epitope Database) e mapeados nas regiões codificantes das sequências. Foi então construido uma interface de acesso WEB onde é possível verificar secções semanais de dados. RESULTADOS: Do corte inicial foi possível obter informações como frequência de subtipo. Onde os mais frequentes são o subtipo tanzaniano, com presença de 73,10% nas sequências de Chikungunya virus; o Subtipo 1 com 34,53% de frequência nas sequências de Dengue vírus; o subtipo peruano com 59,18% nas sequências do vírus da febre amarela e o subtipo do Camboja com 51,35% das sequências do Zika virus. Em relação ao mapeamento genômico os dados mostram que a região mais bem representada no conjunto de dados é aquela que codifica a proteína do envelope viral. O mapeamento dos epítopos mostraram que o epítopo \201CAMTDTTPFGQQRVFK\201D é o mais frequente no vírus da dengue enquanto o \201CSTKDNFNVYKATRPYLAHC é mais frequente no Chikungunya. Já no vírus da zika, o epítopo mais frequentemente observado é o \201CDQRGSGQVVTYALNT\201D e, para o Vírus da Febre Amarela, o epítopo \201CDRDFIEGVHGGTWVS\201D. CONCLUSÃO: Assim, a plataforma desenvolvida representa uma importante ferramenta de suporte a estudos sobre os agentes etiológicos em questão. Uma vez que gera continuamente informações relevantes, além de organizar, armazenar e disponibilizar secções personalizadas de dados. Estas informações reduzem o tempo necessário para realizar estudos sobre estes organismos, acelerando assim os processos de desenvolvimento de vacinas e técnicas diagnósticas.