Mutações pontuais não sinônimas e sua influência na estrutura tridimensional da proteína L1 do papilomavírus humano (HPV) - Lima, Maíra de Arruda (2017)
O papilomavírus humano (HPV) é amplamente estudado devido a sua associação com um amplo espectro de manifestações clínicas incluindo câncer. Atualmente, mais de 200 tipos de HPV foram identificados e classificados em alto e baixo risco de acordo com seu potencial oncogênico. A tipagem viral é feita de acordo com a variabilidade genética observada na sequência nucleotídica do gene L1, além disso, a proteína codificada por este gene é responsável pela interação inicial entre o vírus e o hospedeiro. Portanto, substituições de aminoácidos podem alterar a infectividade e a antigenicidade viral ou afetar a resposta às vacinas atualmente comercializadas. Diante disso, o objetivo deste estudo é avaliar o possível impacto de mutações não sinônimas na interação vírus-hospedeiro através do estudo da estrutura tridimensional da proteína L1. Foram analisadas seqüências provenientes de amostras clínicas de mulheres HIV-HPV positivas atendidas em três hospitais públicos do Recife. As sequências foram agrupadas por tipo viral e analisadas em relação à sua variabilidade genética através de alinhamentos múltiplos de sequências. Em seguida, foram selecionadas sequências com mutações não sinônimas para realização da modelagem comparativa de suas estruturas por meio dos programas: SwissModel, Phyre2, ITasser, 3DRefine, ModRefiner, Rampage e TM-Align. Os resultados mostram que mutações não sinônimas são menos frequentes em HPVs de alto risco em comparação a baixo risco; algumas destas mutações definem a linhagem C de HPV58 na população estudada e sugerem que a coinfecção HIV-HPV seja fator de pressão seletiva para esta linhagem; além disso, as avaliações estruturais mostram maior divergência em relação à proteína selvagem das sequências com a mutação G378D presente em 4 das 6 sequências do gene L1 de HPV58 com mutações não sinônimas.